杯子上有細小裂紋或小黑點，是瑕疵嗎？

不是瑕疵。這款是手作的波佐見燒，窯溫變化造成的些微色差、釉面細紋（貫入）、針孔、釉料垂流與鐵粉，都屬於食器本身的特性，視為良品。收到時看到這些痕跡可以照常使用。